Saat Tenma bingung dengan perubahan ini, Alpha, pemimpin Agen Rute dan kapten tim Protokol Omega, tiba-tiba muncul di hadapannya. Mereka tidak ingat Tenma maupun permainan sepak bola yang mereka sukai. Klub sepak bola tidak ada, dan anggota tim juara di Turnamen Sepak Bola Jalan Suci tidak ingat pernah mengambil bagian dalam turnamen. Dia kembali ke SMP Raimon setelah menyelesaikan misinya, tetapi yang mengejutkan, SMP Raimon itu tidak lagi sama yang dia ingat. Pahlawan saat itu, Tenma Matsukaze, bepergian ke seluruh Jepang untuk mengajar sepak bola kepada anak-anak. Inazuma Eleven Go: Chrono Stone – Inazuma Eleven Go: Chrono Stone diatur setelah Holy Road Soccer Tournament.
